Hace 35 siglos esta zona estaba habitada por un volcán, cuya cima todavía hoy sobresale del agua formando el famoso islote de Nea Kameni. 

La intensa actividad volcánica de la zona dio lugar a la formación de una isla circular, bautizada con el nombre de Stronghile. Estuvo habitada desde el quinto milenio antes de Cristo, pero vivió su apogeo durante la Edad de Bronce, hacia el 1.550 antes de Cristo. 

Sin embargo, a lo largo del siglo XVI antes de Cristo, la región sufrió una serie de terremotos que despertaron al volcán y atemorizaron a la población. Debido al creciente miedo, se cree que los habitantes huyeron de la isla poco antes de que se produjera la catástrofe: una explosión de una fuerza inaudita, que tuvo lugar entre 1627 y 1628 antes de Cristo e hizo desaparecer la mayor parte de la isla. La erupción del volcán originó una explosión de la caldera tan gigantesca que, además de arrasarlo prácticamente todo, acabó produciendo un tsunami que asoló el Mediterráneo Oriental, provocando una grave crisis de la civilización minoica de Creta.

Tras la catástrofe, los fenicios fueron los primeros en volver a la zona, seguidos por un grupo de dorios procedentes de Esparta. Al frente de este grupo estaba el rey Thiras, que dio nombre a la ciudad que se construyó en la isla y que hoy es su centro neurálgico y capital: Thira. 

A lo largo de los años, la isla pasó de la dependencia de la liga de Delos a la del reino ptolemaico de Egipto, Roma y, posteriormente, a las órdenes del Imperio Bizantino. Desde 1204 y hasta 1579 estuvo bajo dominio de la República Veneciana, para pasar luego a dominio otomano. Finalmente en 1840, con el Tratado de Londres, se incorporó a Grecia.

Durante 100 años, más o menos hasta mediados del siglo XIX, la isla registró un período de opulencia gracias al comercio marítimo. Pero la erupción de 1950, seguida de un fuerte seísmo en 1956 que destruyó gran parte de las aldeas, supuso un durísimo golpe para Santorini. 

Hasta mediados de los años setenta Santorini no comenzó a recuperarse. Hizo una fuerte apuesta por el desarrollo turístico y la ganó, logrando convertir la isla en uno de los destinos más populares del mundo, donde hoy estás tú.